После неприятного инцидента на выпускном старшеклассники Дзёгоро Кобато и Юки Осанаи решают начать новую жизнь в старшей школе — тихую, незаметную и без лишнего внимания. Они заключают негласный союз: быть «маленькими гражданами» — людьми, которые не высовываются и держатся подальше от неприятностей. Но их стремление к спокойствию то и дело рушится. Школьные интриги, странные происшествия и загадочные тайны будто сами находят их. И хотя Кобато старается оставаться в стороне, его острый ум и наблюдательность невольно втягивают его в расследования, а Осанаи за своей сдержанностью явно что-то скрывает.